La corporation Shinra, une société tellement puissante qu'elle dirige le monde à elle toute seule, exploite depuis quelques années l'énergie Mako, la force qui constitue la planète. Mais un groupe écologiste nommé AVALANCHE veut sensibiliser la population sur un problème : l'énergie Mako est indispensable à la survie de la planète. Quand la Shinra aura exploité toute la Mako, la planète mourra et entraînera tout le monde dans les ténèbres. C'est à coup d'attentats dans les réacteurs Mako de la mégapole Midgar qu'AVALANCHE fait entendre sa voix. Cloud Strife, un jeune mercenaire qui dit avoir fait partie de l'unité d'élite de la Shinra, le SOLDAT, vient tout juste de rejoindre le groupe. Cependant, des événements ayant eu lieu cinq ans auparavant vont commencer à avoir de graves répercussions sur l'avenir de la planète.